Агентам ФБР Дане Скалли и Фоксу Малдеру поручают работу над проектом «Секретные материалы». Это архив нераскрытых дел, связанных с паранормальными явлениями. Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё поддаётся разумному объяснению. Постепенно взаимное недоверие перерастает в дружбу и даже в более глубокое чувство.
Два агента с непохожими взглядами объединяют свои силы, чтобы раскрывать связаныe с паранормальными или необъяснимыми явлениями дела, которые ФБР классифицировало как «Секретные материалы». Оба полны решимости обнажить скрытую правду — один ищет ответы в потустороннем мире, другой — в более приземленных научных объяснениях. Вместе они сделают открытия, о которых не могли и помыслить.
Пока Малдер лежит в неврологическом отделении, а его мозг едва выдерживает смертоносный натиск электрических импульсов, Скалли пытается расшифровать странные символы на космическом корабле, найденном под водой у западноафриканского побережья Слоновой кости. Но связь между этими двумя явлениями - лишь первая из многих загадок, с которыми суждено столкнуться агентам. Ведь им предстоит вступить в эпоху преодолений и новых вызовов. Для Малдера это смерть матери, Дианы Фаули, и конец поисков похищенной сестры, Саманты. Для Скалли это время встретиться со своими личными демонами, среди которых возвращение фетишиста смерти Донни Пфастера. И в тот момент, когда Скалли начинает новую жизнь, происходит ужасное событие - похищение Малдера.
